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東京都新規感染者日変化と7日移動平均 -コロナウィルスとの闘い

Saturday, June 6th, 2020

昨日(6月5日)までの東京都の公開データから新規感染者数の日変化と7日移動平均を上掲した。

上掲図では、3月1日から昨日までの日変化をプロットしている。図の作成は、東京都の公開データ(CSVデータ)からPythonを用いて作成している。Pythonスクリプトのソースを以下に添付している。

なお、図上部に、累積感染者数(Cumulative Number of Infected)として 5,3472人としているが、これは1月24日以降の累積。

Python Script source:

import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import numpy as np
import datetime

df = pd.read_csv('https://stopcovid19.metro.tokyo.lg.jp/data/130001_tokyo_covid19_patients.csv')

tokyo_df = df[['公表_年月日', '患者_年代', '患者_性別','退院済フラグ']]
tokyo_df.columns = ['date', 'age', 'sex','recv']
tokyo_df_count = tokyo_df['date'].value_counts().sort_index(ascending=True)
df_t = pd.DataFrame(tokyo_df_count)
df_t.columns = ['infected']

dates = pd.date_range('20200124', 'today', freq='D')
df = pd.DataFrame(pd.Series(range(len(dates)), index=dates))
df.columns = ['infected']
for dates in df.index:
    str_date = dates.strftime("%Y-%m-%d") 
    try:
        df.infected[str_date] = df_t.infected[str_date]
    except:
        df.infected[str_date] = 0
#str_date='2020-05-28'
#df.infected[str_date] = 15
list_infected = df.infected.to_list()

date_index = [df.index[0].strftime('%Y-%m-%d')]
for i in range(1, len(list_infected)):
    date_index.append(df.index[i].strftime('%Y-%m-%d'))

x = pd.date_range(date_index[0], periods=len(date_index),freq='d')
y = np.array(list_infected)
y_cum = np.cumsum(y)
print('Cumulative Number of Infected= ' + str(y_cum[len(y_cum)-1]))

start_date = '2020-03-01'
i_start = df.index.get_loc(start_date)

num = 7
b = np.ones(num)/num
y2 = np.convolve(y, b, mode='same')

fig = plt.figure(figsize=(10,10))

x_d = x[i_start:]
y_o = y[i_start:]
y2_o= y2[i_start:]

ax = fig.add_subplot(2,1,1)
#ax = fig.add_axes([0,0,1,1])
ax.bar(x_d, y_o,label='raw data')
#ax.bar(x, y_cum,label='raw data')
ax.legend()
ax.grid()

ax = fig.add_subplot(2,1,2)
#ax = fig.add_axes([0,0,1,1])
ax.bar(x_d, y2_o, label='convolved')
ax.legend()
ax.grid()

plt.ylim(0, 205)
plt.show()


今シーズンの超過死亡数はほぼ閾値!-コロナウィルスとの闘い

Tuesday, May 26th, 2020

日経電子版(5・2422:00 5/25 2:55更新)の「コロナ感染死、把握遅れも 「超過死亡」200人以上か -東京23区2~3月 必要な統計公表遅く、対策左右も」とタイトルされた記事、国立感染研の公表データについて更新されたものでなく速報値を使っている。 5月24日改訂版のデータの超過死亡は、ほぼ閾値上にある。インフル流行と同様なものと考えてもよさそう。日経の勇み足かな(?)
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特別定額給付金が振り込まれた! – コロナウィルスとの闘い

Tuesday, May 19th, 2020

5月8日に申請手続きをした特別定額給付金が銀行口座に振り込まれた。

申請から10日間(休日を除くと1週間)で振込みが行われたことになる。確定申告の還付金振込みは大体10日間程度で行われるから、ほぼ同じ。今回の申請から振込みまでの期間、お役所としては、最速だったのではと想像する。

年金生活者の私にとっては、貴重で有難い「臨時収入」だ。

先送りにしていたPCサーバのリニューアルに使わせていただくことにする。

新型コロナに負けないで頑張ろう



3月以降の流行は欧州発 -コロナウィルスとの闘い

Sunday, May 17th, 2020

日経(5/17付朝刊)の「『欧州型』世界で猛威 半月で変異対策明暗 コロナウィルス遺伝情報分析-> 17種に」を読んだ。この記事によると、「遺伝情報から感染が世界にどう広がったかがわかってきた」という。

日経記事中には、ウィルス拡散の様子を示す図が掲載されていた(以下、(無断)転載):

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PCR検査数をやみくもに増やす事に反対 -コロナウィルスとの闘い

Saturday, May 16th, 2020

一昨日(14日)、私の居住する地域(茨城県)は緊急事態宣言が解除された。ひとまず安心といっておきたい。

近所の巨大ホームセンターにでかけてみると、いつもの土曜日より人出が多いように感じた。ひょっとしたら、私と同じように、緊急事態宣言解除で、気が緩み、ひさしぶりに外出した人が多かったのではと想像した。

40万人の死者が予想されるなんて「脅し」ともとれる予測もあったが、幸いにも、我が国の感染者数、死者数とも低く抑えられている。今後、予想される第二波、第三波のウィルスの襲来が大事に至らないように望むばかりだ。

こうしたなかで気になるのがPCR検査数を増加せよとの主張だ。私は、この動き、奇異に感じる。反対だ。
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