JupyterLab kernel に Julia(v1.3.1) を追加

February 8, 2020 – 10:53 am

Jupyterlab の kernelに juliaを追加した。

以下、インストール手順並びに関連情報についてメモしておいた。

CentOS7上にjuliaをインストール：
LinuxHelpに示されていたインストール手順に沿ってJuliaをCentOs７上にインストールした。

epelリポジトリを最新のものに更新

# yum update -y --enablerepo=epel epel-release

Updated: 
  epel-release-7-12.noarch

yum-config-manger を使用可能にするため yum-utilをインストール

# yum install --enablerepo=epel -y yum-utils

    Installed: python-kitchen-1.1.1-5.el7.noarch
    Installed: yum-utils-1.1.31-52.el7.noarch

必要なyum packageをインストール

# yum-config-manager --add-repo https://copr.fedorainfracloud.org/coprs/nalimilan/julia/repo/epel-7/nalimilan-julia-epel-7.repo

    repo saved to /etc/yum.repos.d/nalimilan-julia-epel-7.repo

nalimilan-julia-epel-7.repo:

[copr:copr.fedorainfracloud.org:nalimilan:julia]
name=Copr repo for julia owned by nalimilan
baseurl=https://download.copr.fedorainfracloud.org/results/nalimilan/julia/epel-7-$basearch/
type=rpm-md
skip_if_unavailable=True
gpgcheck=1
gpgkey=https://download.copr.fedorainfracloud.org/results/nalimilan/julia/pubkey.gpg
repo_gpgcheck=0
enabled=1
enabled_metadata=1

Julia のインストール

# yum install -y --enablerepo=epel julia

     Installed: julia-1.3.1-1.el7.x86_64
     Dependency Installed:
                mbedtls-2.7.12-1.el7.x86_64   http-parser-2.7.1-8.el7.x86_64
                libgit2-0.26.6-1.el7.x86_64　 openlibm-0.5.3-1.el7.x86_64
                openblas-threads64_-0.3.3-2.el7.x86_64
                dSFMT-2.2.3-4.el7.centos.x86_64
                julia-common-1.3.1-1.el7.noarch

Julia が正常にインストールされたことを確認

$ julia
               _
   _       _ _(_)_     |  Documentation: https://docs.julialang.org
  (_)     | (_) (_)    |
   _ _   _| |_  __ _   |  Type "?" for help, "]?" for Pkg help.
  | | | | | | |/ _` |  |
  | | |_| | | | (_| |  |  Version 1.3.1 (2019-12-30)
 _/ |\__'_|_|_|\__'_|  |  nalimilan/julia Copr build
|__/                   |

julia> exit()
$ which julia
/usr/bin/julia

JupyterLabに julia kernelを追加：

既存のJupyter kernelの状態を確認しておく

(trial_env) [tsflow@localhost ~]$ jupyter kernelspec list
Available kernels:
  ir            /home/tsflow/.local/share/jupyter/kernels/ir
  javascript    /home/tsflow/.local/share/jupyter/kernels/javascript
  python3       /home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/share/jupyter/kernels/python3

IJuliaのインストール

(trial_env) [tsflow@localhost ~]$ julia
               _
   _       _ _(_)_     |  Documentation: https://docs.julialang.org
  (_)     | (_) (_)    |
   _ _   _| |_  __ _   |  Type "?" for help, "]?" for Pkg help.
  | | | | | | |/ _` |  |
  | | |_| | | | (_| |  |  Version 1.3.1 (2019-12-30)
 _/ |\__'_|_|_|\__'_|  |  nalimilan/julia Copr build
|__/                   |

julia> using Pkg

julia> Pkg.add("IJulia")
   Cloning default registries into `~/.julia`
   Cloning registry from "https://github.com/JuliaRegistries/General.git"
     Added registry `General` to `~/.julia/registries/General`
 Resolving package versions...
 Installed VersionParsing ── v1.2.0
 Installed Conda ─────────── v1.3.0
 Installed IJulia ────────── v1.21.0
 Installed ZeroMQ_jll ────── v4.3.1+0
 Installed Parsers ───────── v0.3.11
 Installed BinaryProvider ── v0.5.8
 Installed ZMQ ───────────── v1.2.0
 Installed MbedTLS ───────── v0.7.0
 Installed JSON ──────────── v0.21.0
 Installed SoftGlobalScope ─ v1.0.10
  Updating `~/.julia/environments/v1.3/Project.toml`
  [7073ff75] + IJulia v1.21.0
  Updating `~/.julia/environments/v1.3/Manifest.toml`
  [b99e7846] + BinaryProvider v0.5.8
  [8f4d0f93] + Conda v1.3.0
  [7073ff75] + IJulia v1.21.0
  [682c06a0] + JSON v0.21.0
  [739be429] + MbedTLS v0.7.0
  [69de0a69] + Parsers v0.3.11
  [b85f4697] + SoftGlobalScope v1.0.10
  [81def892] + VersionParsing v1.2.0
  [c2297ded] + ZMQ v1.2.0
  [8f1865be] + ZeroMQ_jll v4.3.1+0
  [2a0f44e3] + Base64 
  [ade2ca70] + Dates 
  [8ba89e20] + Distributed 
  [7b1f6079] + FileWatching 
  [b77e0a4c] + InteractiveUtils 
  [76f85450] + LibGit2 
  [8f399da3] + Libdl 
  [56ddb016] + Logging 
  [d6f4376e] + Markdown 
  [a63ad114] + Mmap 
  [44cfe95a] + Pkg 
  [de0858da] + Printf 
  [3fa0cd96] + REPL 
  [9a3f8284] + Random 
  [ea8e919c] + SHA 
  [9e88b42a] + Serialization 
  [6462fe0b] + Sockets 
  [8dfed614] + Test 
  [cf7118a7] + UUIDs 
  [4ec0a83e] + Unicode 
  Building Conda ──→ `~/.julia/packages/Conda/kLXeC/deps/build.log`
  Building MbedTLS → `~/.julia/packages/MbedTLS/a1JFn/deps/build.log`
  Building IJulia ─→ `~/.julia/packages/IJulia/fXyGm/deps/build.log`

IJulia の実行に必要なlibrary（を整える
Centos7では IJuliaを実行(コマンド: using IJulia)しようとすると下記のようなエラーとなり正常にkernelが作れない。因みに、Anaconda には対応するlibraryがあるので正常なので、anacondaのlibraryを借用
```
/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found 
```
　
Anacondaから借用のための作業ログ
```
# cp /home/tsflow/anaconda3/lib/libstdc++.so.6.0.26 /usr/lib64
# rm /usr/lib64/libstdc++.so.6
# ln -s /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.26 /usr/lib64/libstdc++.so.6
```

Ijulia の実行


julia> using IJulia
[ Info: Precompiling IJulia [7073ff75-c697-5162-941a-fcdaad2a7d2a]

julia> exit()

Jupyter kernels にJuliaが含まれていることを確認

(trial_env) [tsflow@localhost ~]$ jupyter kernelspec list
Available kernels:
  ir            /home/tsflow/.local/share/jupyter/kernels/ir
  javascript    /home/tsflow/.local/share/jupyter/kernels/javascript
  julia-1.3     /home/tsflow/.local/share/jupyter/kernels/julia-1.3
  python3       /home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/share/jupyter/kernels/python3

JupyterLab lancher snapshot:
Julia kernel 追加後のJupyterLab lancherのスナップショットをアップしておいた。

（画像クリックで実寸大で拡大)
　

参考にしたサイト・資料：

Yama's Memorandum