Yama's Memorandum

JupyterLab の kernel に R と JavaScript(node.js)を追加

January 29, 2020 – 4:22 pm

JupyterLab上で Pythonに加えて、R言語ならびに JapaScript(node.js)の kernelを追加した。

作業内容を、以下、簡単にメモしておいた。

R kernel をJupyterLabに追加:

libcurl-devel　のインストール：
（Rパッケージ devtoolのインストールに必要）

#yum install -y libcurl-devel

JupyterLab動作環境に移行し、

(Rを起動）
(base) [tsflow@localhost ~]$ R

R version 3.6.0 (2019-04-26) -- "Planting of a Tree"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
  ( 省　略）

（Rパケージ devtoolをインストール）
> install.packages("devtool")
> install.packages("devtools")
Installing package into ‘/home/tsflow/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Secure CRAN mirrors 

 1: 0-Cloud [https]                   2: Algeria [https]                
 3: Australia (Canberra) [https]      4: Australia (Melbourne 1) [https]

41: Japan (Tokyo) [https]            42: Japan (Yonezawa) [https]  
  
Selection: 41
     
trying URL 'https://cran.ism.ac.jp/src/contrib/devtools_2.2.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 372273 bytes (363 KB)
==================================================
  (省　略）
* DONE (devtools)

（インストールした devtoolsでGithubからIRkernelをインストール）
> devtools::install_github("IRkernel/IRkernel")

（IRkernelとJupyterLabをつなげる）
> IRkernel::installspec()

　　

JavaScript(node.js) kernelをJupyterLabに追加：

仮想環境 trial_env上で ijavascriptをnpm install

(trial_env) [tsflow@localhost ~]$ npm install -g ijavascript
/home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/bin/ijs -> /home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/lib/node_modules/ijavascript/bin/ijavascript.js
/home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/bin/ijsconsole -> /home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/lib/node_modules/ijavascript/bin/ijsconsole.js
/home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/bin/ijsinstall -> /home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/lib/node_modules/ijavascript/bin/ijsinstall.js
/home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/bin/ijsnotebook -> /home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/lib/node_modules/ijavascript/bin/ijsnotebook.js
/home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/bin/ijskernel -> /home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/lib/node_modules/ijavascript/lib/kernel.js

> zeromq@5.2.0 install /home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/lib/node_modules/ijavascript/node_modules/zeromq
> node scripts/prebuild-install.js || (node scripts/preinstall.js && node-gyp rebuild)


+ ijavascript@5.2.0
added 64 packages from 62 contributors in 11.593s

javascript kernelを追加(ijsinstall)し、kernelspec listでkernelが追加されていることを確認

(trial_env) [tsflow@localhost ~]$ ijsinstall
(trial_env) [tsflow@localhost ~]$ jupyter kernelspec list
Available kernels:
  ir            /home/tsflow/.local/share/jupyter/kernels/ir
  javascript    /home/tsflow/.local/share/jupyter/kernels/javascript
  python3       /home/tsflow/anaconda3/envs/trial_env/share/jupyter/kernels/python3

　　　　
kernel追加後のJupyterLab スナップショット：

　　　　　　（画像をクリックすると拡大）

参考にしたサイト：

• JupyterlabでRとJavascriptを使う

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